لا تقتصر المشاكل البيئة التي تعاني منها محافظة الزرقاء على وجود السيل فيها، بل تتعداها إلى ما هو أبعد من ذلك، إذ تعاني المناطق المجاورة للسيل من مشاكل تتمثل بتلوث المياه التي تستخدم في زراعة الحشائش للأبقار والأغنام.

وتعتبر منطقة المزرعة في الزرقاء واحدة من المناطق التي تلوثت فيها المياه بشكل كبير، ففي زيارة ميدانية للمنطقة بمشاركة الإعلاميين المشاركين في دورة الإعلام والتنمية المستدامة التي نظمها الاتحاد الدولي لحماية الطبيعة، تبين أن المياه العادمة المتأتية من روافد سيل الزرقاء يتم استغلالها في الزراعة، وهذه المياه مصدرها خربة السمرا.

وقد أشار أحد المزارعين العاملين في منطقة المزرعة أن استخدام هذه النوعية من المياه العادمة لا يتم إلا لزراعة البرسيم فقط، وبموجب تعليمات وزارة البيئة يمنع زراعة أي أنواع أخرى من النباتات، مشيرا إلى أن هذه المزروعات تباع إلى مزارع في العاصمة عمان، بهدف استخدامها كطعام للمواشي والأبقار.
 
وخلال الجولة الميدانية لاحظ المشاركين أن مجرى هذه المياه مليء بالأوساخ على اختلاف أنواعها، وذلك بسبب اختلاط مياه السيل مع المياه الناجمة عن مخلفات الصرف الصحي، وهذا يؤدي إلى انتشار الأمراض والأوبئة بين المواطنين، بالإضافة للروائح الكريهة التي تزداد في فصل الصيف بفعل الحرارة المرتفعة.
 
وتحدث مواطنون عن وعود "فارغة" من قبل الجهات المعنية بإيجاد حلول للمشاكل البيئة التي تعاني منها الزرقاء، وفي مقدمتها السيل، ولكن وزارة البيئة،على الجهة الأخرى، تقوم وزارة بدعم من الوكالة الإسبانية للتعاون الدولي والتنمية ومع بعض الشركاء البيئيين بتنفيذ مشروع بناء القدرات المؤسسية لإعادة تأهيل السيل.
 
وبحسب موسوعة ويكبيديا فإن سيل الزرقاء يعتبر من روافد نهر الأردن وينبع من العاصمة الأردنية عمان متجها إلى الشرق عبر عين غزال، الرصيفة، فمدينة الزرقاء، حيث ينحني 180 درجة ويبدأ جريانه باتجاه وادي الأردن قاطعا جرش وعجلون والبلقاء صابا في بحيرة جرش.
ومن الأمور اللافتة للانتباه في حوض سيل الزرقاء آثار عين غزال والتي تم الكشف عنها في سبعينيات وثمانينيات القرن العشرين واستخرج منها تماثيل من العصر الحجري المتأخر والتي صنعت حوالي 6-5 سنه قبل الميلاد.
وهو يعتبر ثاني أكبر رافد لنهر الأردن إذ تبلغ مساحة حوضه حوالي 3400كم٢، ويبلغ معدل التصريف السنوي لهذا النهر في منطقة دير علا (83)مليون متراً مكعباً؛ منها ما يقرب من (38)مليون متراً مكعباً مقدار التصريف الأساسي (الدائم الجريان).