اشتكى مزارعو وادي الأردن من تلوث مياه سد الملك طلال والتي تروي  مزارعهم وتؤثر سلبا على زراعاتهم خاصة الحمضيات وتلحق بهم خسائر مادية فادحة،حيث لمس المزارعون أثر مياه السد بعد أن أوقفت سلطة وادي الأردن الضخ من قناة الملك عبد الله وراحت تضخ مياها ملوثة من سد الملك طلال والتي تحوي مواد كيماوية وأملاح تسبب جفاف الأشجار وبحسب ما أكد المزارعون لراديو البلد.وأضاف المزارعون بان المشكلة قديمة بسبب تجاهل المسؤولين لهذا الخطر الذي يهدد الثروة الزراعية،والبداية كانت مع زراعة الحمضيات والتي أصيبت بالشلل خاصة مع شح مياه الأمطار واضطرارهم لري مزروعاتهم من مياه السد.
 
ويكشف المزارعون عن أدلة واضحة على تلوث مياه السد وتأثيرها على المزروعات، فأشجار الحمضيات تجف أوراقها وأغصانها ويضعف نموها مما يسبب موتها بعد فترة، وهذا ما حدث  مع المزارع محمد ماضي الذي  اضطر لتقليع مزرعته  من الحمضيات بسبب جفافها"العديد من المهندسين الزراعيين أكدوا لي أن سبب جفاف مزرعتي هو مياه سد الملك طلال لأنها تحوي على نسبة عالية من الأحماض".
 
وعند انخفاض كمية المياه في السد تزيد نسبة المواد الكيماوية فيها،كما يقول المزارع عبد المهدي الرماضنة"مياه السد فيها نسبة من المواد الكيماوية كالأملاح والزئبق وعندما تنقص مياه الأمطار في السد فان المياه التي تحوي مواد كيماوية مترسبة هي التي تشكل ضررا وتدمر المزروعات".
 
ويقف المزارع أبو ماجد أمام احدى الأشجار التي أصابها الجفاف تدريجيا وهو يتحسر على الخسائر المادية التي يتعرض لها نتيجة ذلك "قدمت طلبا لمديرية الزراعة للكشف على مزرعتي ،لأني انوي رفع قضية على سلطة وادي الأردن فهي المسؤولة،فالمياه دمرت أشجاري".
 
ولم يقف الضرر عند جفاف الأشجار ولكن تعداه أيضا إلى إصابة أبو ماجد بمرض جلدي بسبب المياه " أثرت المياه على يدي وتغير لون الجلد، وأراجع أخصائي الجلدية "وعند انقطاع المياه نرى لون اخضر على الأرض  ورائحة كريهة وهذا دليل أن المياه ملوثة.
 
فيما يشير المزارع محمد ماضي إلى تأثير مياه السد على سمك البرك والذي يشترونه من الصيادين"لون سمك البرك اسود وطعمه غريب، فاعتقد أن السمك وضعه غير صحي، وهي تزود بمياه سد الملك طلال".
 
في حين نفى قيس عويس تلوث مياه السد، ووصف الشكاوى بالغير دقيقة،وان مياه السد ضمن المواصفات القياسية العالمية والأردنية الخاصة بأغراض الري" تخضع مياه سد الملك طلال لاختبارات يومية ودورية من جهات متعددة منها الجمعية العلمية الملكية،وتقوم سلطة وادي الأردن بإصدار نشرة بنتائج تحاليل مياد سد الملك طلال كل  أسبوعين مرة وتوزع على المزارعين".
 
ولم ينف عويس وجود نسبة من الملوحة في مياه السد والتي لها تأثير بسيط  خاصة على أشجار الحمضيات ولا يتجاوز تأثيره في حده الأقصى 10%" نسبة تركيز الأملاح في مياه السد ألف و300 جزء من المليون ،وينحصر تأثيرها على نسبة الإنتاج".
 
وبحسب عويس فان مياه السد تروي ما مساحته 250 ألف دونم في وادي الأردن، وان مشكلة الملوحة يمكن تجاوزها  من خلال استخدام  المزارع أنظمة ري حديثة كالري بالتنقيط ،واستخدام الأسمدة الطبيعية ،والتقارب في فترات ري المياه .